Ο Φαρμακευτικός Σύλλογος Θεσσαλονίκης ιδρύθηκε σύμφωνα με τα προβλεπόμενα από τον Ν. 3601/1928 "περί συστάσεως φαρμακευτικών συλλόγων" και τον ΑΝ 1384/1938 "περί τροποποιήσεως ενίων διατάξεων του Ν. 3601/1928 περί φαρμακευτικών συλλόγων".
Λειτουργεί με την μορφή Ν.Π.Δ.Δ. και η λειτουργία του διέπεται από τις εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις περί φαρμακευτικών συλλόγων.
Διοικείται από εννεαμελές Διοικητικό Συμβούλιο που εκλέγεται ανά τριετία από την Γενική Συνέλευση. Συγχρόνως εκλέγονται και οι αντιπρόσωποι του Φ.Σ.Θ. - εκλέκτορες στον Π.Φ.Σ. και το τριμελές Πειθαρχικό Συμβούλιο.
Έχει προχωρήσει στην ίδρυση μη κερδοσκοπικού σωματείου με την επωνυμία "Διανεμητικός Λογαριασμός μελών Φαρμακευτικού Συλλόγου Θεσσαλονίκης" (ΔΙ.ΛΟ.Φ.). Ο ΔΙ.ΛΟ.Φ. έχει σκοπό κυρίως "… την συγκέντρωση και διακίνηση των συνταγών των Ασφαλιστικών Ταμείων και Οργανισμών, που εκτελούνται στα φαρμακεία που ανήκουν στη δύναμη του Φαρμακευτικού Συλλόγου Θεσσαλονίκης, η είσπραξη του αντιτίμου τους μέσω του Φ.Σ.Θ. για λογαριασμό των φαρμακοποιών και η διανομή σ' αυτούς των αναλογούντων ποσών…" όπως περιγράφεται στο καταστατικό του.
